Древното име на град Кюстендил е Пауталия.
Името Пауталия в основата си е тракийско. То се среща в различни ортографски варианти в античните исторически извори на старогръцки и латински език. Наименованието означава „изворен град“ или „бликащи извори“ и се свързва с топлите минерални извори, които са били първопричина за възникването на тракийско селище и превръщането му в град по римско време.